1. BLOC 1. Mètodes moleculars per a la caracterització de microorganismes
1.1. Noves tècniques de cultiu. Micromanipulació. Dilucions per extinció. MicroDrop. Filtres de membrana. Sistemes de diàlisi. Optimització dels medis de cultiu.
1.2. Disseny d’encebadors i sondes moleculars específics, universals i degenerats per aplicacions de PCR i hibridació in situ. Bases de dades de seqüències i sondes per la identificació de microorganismes.
1.3. Identificació de microorganismes mitjançant hibridació amb sondes per RNA missatger o ribosòmics in situ en mostres biològiques o sobre filtres de membrana (dot-blot). Marcatge de sondes amb isòtops i molècules fluorescents (FISH, CARD-FISH). Mètodes quimioluminiscents.
1.4. Tècniques d’amplificació de marcadors gènics. Reacció en cadena de la polimerasa (PCR). Optimització i aplicacions. Nested-PCR, PCR quantitativa (qPCR), PCR basada en transcriptasa reversa (RT-PCR), ERIC-PCR (Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR) i REP-PCR (Repetitive Extragenic Palindromic PCR). Multiplex- PCR, Rapid Multiplex nested PCR-ICT assay, Multiple displacement amplification (MDA). Clonació.
1.5. Mètodes d’anàlisi de polimorfisme. Anàlisi del polimorfisme de la conformació de brins senzills SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism). Polimorfisme de DNA amplificat a l’atzar (McRADP Melting curve of random amplified polymorphic DNA, RAPD Random amplified polymorphic DNA) per la caracterització genotípica de paràsits d’interès mèdic.
1.6. Mètodes d’assaig immunoenzimàtics per la identificació de bacteris i paràsits d’interès sanitari.
2. BLOC 2. Mètodes moleculars per l'anàlisi de comunitats microbianes
2.1. Mètodes d’anàlisi de la diversitat microbiana. Anàlisi de restricció de RNA ribosomal amplificat (ARDRA Amplified ribosomal RNA restriction analysis). Gels d’electroforesi d’en gradient desnaturalitzant (DGGE Denaturing gradient gel electrophoresis) i electroforesi en gradient desnaturalitzant de temperatura (TGGE Temperature gradient gel electrophoresis).
2.2. Anàlisi de polimorfisme de longitud de fragments de restricció (RFLP, T-RFLP Terminal-Restriction Fragment Length Polymorphism). Anàlisi de similituds i comparació estadística de fingerprints.
2.3. Anàlisi multivariant de comunitats microbianes complexes. Detecció de microorganismes indicadors.
La qualificació de l'assignatura es farà amb un sistema combinat que inclou dos tipus d'avaluació diferents:
A) Comentaris d'articles (50% de la nota final): Els professors posaran a disposició dels estudiants una selecció d'articles amb suficient antelació per tal que els estudiants els puguin llegir amb deteniment. La qualificació constistirà en respondre oralment a les preguntes que els professors plantejaran als estudiants durant les classes en relació al contingut de les publicacions que seran objecte de discussió.
B) Estudi de casos (50% de la nota final): Consistirà en un treball sobre un cas experimental concret de l'estudi dels microorganismes. Els estudiants hauran de fer servir els coneixements adquirits dels diferents mètodes exposats a classe per abordar un aspecte concret de l'estudi dels microorganismes. El treball es pot portar a terme en grups de dos persones com a màxim. Els professors fixaran un termini per la presentació del treball.
Criteris específics de la nota «No Presentat»:
Constarà com a No Presentat tot aquell estudiant que no s'hagi presentat a cap de les dues activitats avaluables. Per tant, la presentació a una sola de les activitats suposarà Presentat.
Les classes de contingut teòric s'impartiran en forma de classes expositives amb suport audio-visual. Pel caràcter que es suposa a uns estudis de Tercer Cicle, les classes pretenen ser essencialment participatives i estimular la discussió dels continguts de l'assignatura. Per tant, es recomana mantenir una actitud activa i participativa.